Ngày 04/3/1959 Chủ tịch nước đã ký sắc lệnh 016-SL thành lập Ủy ban khoa học Nhà nước, tiền thân của Bộ Khoa học và Công nghệ ngày nay.

Năm 1964, Ban Khoa học- Kỹ thuật tỉnh Ninh Bình được thành lập. Sau giải phóng miền Nam, đất nước hoàn toàn thống nhất, năm 1976 hợp nhất Nam Hà, Ninh Bình thành tỉnh Hà Nam Ninh, Ban Khoa học Kỹ thuật Hà Nam Ninh được thành lập.

Ngày 01/4/1992 tái lập tỉnh, năm 1993, Ban Khoa học Kỹ thuật Hà Nam Ninh đổi tên thành Sở Khoa học Công nghệ và Môi trường tỉnh Ninh Bình.

Thực hiện quyết định số 45/2003/QĐ-TTg ngày 02/4/2003 của Thủ tướng Chính phủ về việc thành lập Sở Tài nguyên và Môi trường, đổi tên Sở Khoa học Công nghệ và Môi trường tỉnh Ninh Bình thành Sở Khoa học và Công nghệ thuộc UBND tỉnh , thành phố trực thuộc Trung ương.

Đến ngày 17/9/2003, UBND tỉnh Ninh Bình ban hành Quyết định số 1867/2003/QĐ-UB về việc đổi tên Sở Khoa học Công nghệ và Môi trường thành Sở Khoa học và Công nghệ.